Grâce à la métagénomique
Etudier le microbiote intestinal...
La métagénomique est l’étude de l’expression de l’ensemble des gènes.
Ces dernières années, cette méthode a permis de faire des progrès considérables sur la connaissance des micro-organismes de notre microbiote intestinal. Cela a été possible grâce aux nouvelles technologies d’analyse à haut débit.
La métagénomique est une approche très intéressante dans la compréhension du microbiote. Elle permet d'analyser les génomes et d’étudier les fonctions de la plupart des microorganismes de notre microbiote. Cette méthode permet de s’affranchir des techniques de culture de micro-organismes anaérobies stricts qui sont extrêmement lourdes et fastidieuses.
D’ailleurs, l'étude MetaHIT, lancée en 2008 en Europe et coordonnée par l'INRA, a eu pour objectif d'identifier l’ensemble des génomes microbiens intestinaux avec cette méthode.
Le but étant de mieux caractériser le microbiote colique et d’établir des corrélations entre la composition, le potentiel métabolique du microbiote et la santé. Ce fut surtout la première étude à démontrer l'extrême richesse de la flore intestinale, en identifiant des centaines d'espèces bactériennes inconnues jusque-là !
La métagénomique permet l'analyse de la diversité de l’ADN bactérien, mais permet aussi de cibler les fonctions microbiennes (les activités enzymatiques par exemple). Elle permet d’étudier les mécanismes d'interaction entre les micro-organismes et les aliments.
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Cette méthode est très intéressante puisqu’elle recense un très grand nombre de données. Ces données sont ensuite utilisées pour reconnaître certaines propriétés des bactéries ou encore directement les associer à une espèce déjà répertoriée.
