Espèces et niches écologiques
Le tube digestif est constitué de nombreux micro-organismes, regroupés par espèce selon les caractéristiques étudiées grâce à la métagénomique. Leur nombre est variable tout le long du tractus digestif.
Les conditions écologiques diffèrent le long du tractus, que ce soit le pH, la vitesse du transit, la présence d’oxygène, etc... Cela explique une telle différence de l'estomac au gros intestin.
L’estomac, étant un milieu très acide, contient que très peu de bactéries, car peu sont satisfaites dans ce genre de milieu. Le nombre d'UFC (unité formant colonie) par gramme est très faible, environ 10 à 10² . En revanche, le côlon est le milieu le plus peuplé de micro-organismes. Les micro-organismes s’y plaisent, car le pH est pratiquement neutre entre 5,5 (côlon proximal) et 7 (côlon distal) et le transit est lent.
Certaines espèces sont présentes chez plus de 90 % des individus.
Elles forment ce qu’on appelle le noyau commun. On y retrouve en majorité les deux phylum majeures : Firmicutes et Bacteroidetes. Il existe aussi le phylum des Actinobacteria, mais ce dernier est proportionnellement moins important.
Schéma modifié par Maéva Ciardelli provenant . INRAE, 2014
Tableau des espèces bactériennes, INRAE 2014